Con Decreto n.78/2016 del 30 marzo (pubblicato in GU n.120 del 24-5-2016), il Mistero dell'Ambiente ha emanato un nuovo Regolamento sul funzionamento e l'aggiornamento del SISTRI.
Il Decreto, al momento della sua entrata in vigore, fissata per l'8 giugno, abroga il precedente TU Sistri DM 18 febbraio 2011, n. 52 «Regolamento recante istituzione del sistema di controllo della tracciabilità dei rifiuti". Fino all'approvazione delle procedure operative (attraverso specifico decreto ministeriale da emanare - vedi art. 2) si applicano le procedure indicate nei manuali e nelle guide rese disponibili nel sito SISTRI, previo visto di approvazione del Mistero dell'Ambiente (art. 23 del DM 78/2016).